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基因编辑小鼠的名字一长串,究竟是啥意思?
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相信大部分同学都有这样的经历,阅读文献时常常会看到一些花里胡哨的小鼠名字,由于不清楚它名字的含义,下一秒就忘了。小编刚看文献的时候,看着这么长的名字分分钟就想弃文。

基因编辑小鼠的名字一长串,究竟是啥意思?

其实,这一长串名字,相当于小鼠的身份证,通过它我们可以知道该小鼠应用了什么技术,哪个基因进行了什么修饰,来源于哪个实验室,背景品系是啥。这期就让我们一起解读基因编辑小鼠的名字含义吧!

 

常见的基因编辑小鼠主要分为随机转基因小鼠和基因定点修饰小鼠。简单来说,它的名字构成基本是酱紫的:背景品系,连字符“-”加上转基因或定点修饰的基因符号。

基因编辑小鼠的名字一长串,究竟是啥意思?

  1. 转基因小鼠的命名

转基因小鼠名字的基因符号一般由以下四个部分组成:

  • 修饰方式:TgX,Tg表示转基因(transgene),X表示DNA插入的方式,如:H代表同源重组,R代表经逆转录病毒载体感染的插入,N代表非同源插入。
  • 转入的基因:转入的基因放在圆括号中,不用斜体,因为它们是外来DNA材料的随机插入,并且不是天然基因组的一部分。
  • 实验室指定序号:实验室对已成功的转基因品系给予的特定编号。
  • 实验室注册代码:标识生产或维持特定动物品系的研究所,实验室或研究者。

基因符号表示例子:

基因编辑小鼠的名字一长串,究竟是啥意思?

我们可以获得的信息是:

来源:Nathaniel Heintz(研究者)

构建技术:转基因

转入的基因:小鼠的Zfp38基因

 基因编辑小鼠的名字一长串,究竟是啥意思?

我们可以获得的信息是:

来源:Dr. Joel Taurog(研究者)

构建技术:转基因

转入的基因:2个人源基因HLA-B*2705和B2M,*表示包含的基因是突变体

转入报告基因或者重组酶系统(例如,GFP,lacZ,cre)时,它们的只有表达的组织特异性不同,应该在转入基因前表示启动子比如Tg(Zp3-cre)3Mrt

 基因编辑小鼠的名字一长串,究竟是啥意思?

我们可以获得的信息是:

来源:Gail R. Martin(研究者)

构建技术:转基因

转入基因:在Zp3启动子下表达的Cre重组酶系统

完整的转基因小鼠名字格式

基因编辑小鼠的名字一长串,究竟是啥意思?

我们可以获得的信息为:

背景品系:C57BL/6J小鼠

构建技术:转基因(非同源插入)

转入基因:人的CD8基因组(Ge)

来源:Jon W. Gordon (Jwg)实验室

实验室指定序号:23。

  1. 基因定点修饰小鼠的命名

基因定点修饰小鼠名字的基因符号一般由以下几个部分组成:

  • 被定点修饰的基因:用基因符号表示,需要斜体。
  • 基因修饰方式:利用ES打靶技术构建的小鼠,用tm表示,tm代表targeted mutation;而核酸内切酶系统(比如现在大热的CRISPR/Cas9)介导的基因修饰,用em表示,em代表endonuclease-mediated mutation。修饰方式上标。
  • 插入基因:基因敲入小鼠需要标出转入基因,放圆括号中,上标。基因敲除小鼠则没有这个部分。
  • 原创实验室序列号,位于修饰方式后。
  • 实验室注册代号:同上述转基因小鼠的命名规则有所区别,需要上标。

基因符号表示例子:

基因编辑小鼠的名字一长串,究竟是啥意思?

上图我们可以获得的信息为:

被修饰的基因:En1

修饰技术:ES打靶

插入基因:otx2

来源:W.Wurst实验室(Wrst)

表示En1基因编码区被Otx2基因取代。

基因编辑小鼠的名字一长串,究竟是啥意思?

上图我们可以获得的信息为:

被修饰的基因:小鼠的Fgf1基因

修饰技术:核酸内切酶系统介导的基因修饰

来源:Miche`le Sawadogo(研究者)

表示小鼠的Fgf1基因被敲除。

亲本与基因敲除小鼠命名一样,条件性基因敲除小鼠(flox小鼠)与Cre工具鼠交配产生的后代与亲本的区别为,而在亲本名字的序列号后加一个小数点和数字。比如:Tfamtm1Lrsn表示LoxP位点插入Tfam基因的亲本cKO小鼠,Tfamtm1.1Lrsn表示Tfamtm1Lrsn  与Cre工具鼠交配产生的后代。

基因编辑小鼠的名字一长串,究竟是啥意思?

基因编辑小鼠的名字一长串,究竟是啥意思?

备注:图片中标注的亲本和子代是为了表示tm1与tm1.1的区别,tm后的数字表示原创实验室序列号。

完整的基因定点修饰小鼠名字格式:

基因编辑小鼠的名字一长串,究竟是啥意思?

上图的名字我们可以获得的信息为:

背景品系:B6;129;

定点修饰的基因:小鼠的Hbb基因

修饰技术:ES打靶技术

原创实验室序列号:3

插入基因:人的HBG1和HBB基因

来源:Dr. Timothy Townes(研究者)

关于基因编辑小鼠命名,就写这么多了,希望这篇文章对你理解常见的基因编辑小鼠的名字有所帮助,详细的命名规则可以去MGI了解哦。

参考资料:

  1. 王超主编,基因修饰小鼠制备常用技术,中国农业大学出版社,2013.12.
  2. http://www.informatics.jax.org/mgihome/nomen/strains.shtml#mice
  3. http://www.informatics.jax.org/mgihome/nomen/gene.shtml#endim